با ایجاد این تحول در نظام آموزشی کشور نسل جدیدی از دانشوران و تحصیل کرده ها،اگر چه کم، اما پرنفوذ وارد جوامع سیاسی و اجرایی شدند و حیات این نسل روشنفکر کم کم در گرو انهدام سنت به عنوان بزرگترین مانع موجود بود. رشد قارچ گونه و موثر این قشر فرنگی اگر چه به مذاق حاکمان و اشرافیت آنروز ناخوشایند می آمد اما مبارزه با آنان را نه در دستور کار و نه در توان داشت. طبق محاسبات ، دانشگاه علاوه برآنکه کادرها و تکنسین های پروژه نوسازی رادر دل خود پرورش می داد،به لحاظ فرهنگی و اجتماعی نیز نقشی تحول بخش و مدرن ساز ایفا میکرد. اما نارسایی محاسبات در این بود که دانشگاه ایرانی بیش از آنکه در تربیت بوروکرات و تکنوکرات ماهر و وفادار موفق شود ، در تولید «روشنفکر ناراضی» کامیاب بود. در دهه آخر دوره پهلوی این روند در دوره تصاعدی به سر می برد.

با ظهور انقلاب اسلامی و فریاد عدالتخواهی توده های بی نام و نشان مستضعف و مسلمان با رهبری امام ، می توان گفت که راه اندازی دانشگاه نه تنها موجب تثبیت رژیم دیکتاتوری نشد ، بلکه وحدت روشنفکران ناراضی با حوزه های علمیه (که روزی وظیفه انقراض همین علوم به اصطلاح سنتی را داشت) سبب براندازی رژیم شاهنشاهی شد.

پس از تثبیت نظام جمهوری اسلامی و وضوح هر چه بیشتر واگرایی روشنفکران و بوروکرات های پرادعا با اصول نظام اسلامی، این قشر زاییده علوم مدرن  تبدیل به نوعی لایه مخفی در درون نظام شدند و با استفاده از محیط مناسب دانشگاهها دست به ایجاد اخلال در روند نظام سیاسی،اقتصادی و به خصوص فرهنگی جامعه زدند. عده از اصحاب انقلاب که درک اجمالی از چنین وضعیتی داشتند در فوران هیجانات انقلاب اسلامی در سال 1359 دست به انقلاب فرهنگی برای ترمیم سیستم آموزشی کشور زدند که در حقیقت این حرکتی بود در جهت از بین بردن گروهک های منافقین پنهان در دانشگاه. اگرچه تا به امروز هم امام و هم مقام معظم رهبری توصیه های فراوانی در راستای دانشگاه اسلامی داشته اند اما میتوان گفت که تا به امروز هیچ حرکت جدی در راستای تبدیل سیستم دانشگاهی- که نطفه در مدرنیسم دارد- به سیستم اسلامی  نشده است. آیا به راستی میتوان دانشگاه را به دلیل ریشه غربی داشتن محکوم به فساد کرد؟ یا میتوان راهی برای تبدیل این نظام به چیدمان اسلامی- الهی پیدا کرد؟ پاسخ این پرسش را میتوان در تقارب معنای علم و اسلام یافت بدین سان که اسلام به عنوان یک دین کامل همواره دعوت به کسب علم،آگاهی و بیداری کرده است و این حقیقتا آیینه تمام نمای دانشگاه اسلامی است. از طرفی با گسترش هجوم فرهنگی نظام امپریالیستی جهان دانشگاه به عنوان یکی از گلوگاه های اصلی فرهنگی می تواند نقش تعیین کننده ای داشته باشد. لذا دانشگاه اسلامی نه تنها قابل دسترسی بلکه برای نظام اسلامی یکی از والاترین ارزشهاست.